燃气锅炉在使用过程中最常见的问题就是水垢问题，水垢的多少直接影响到锅炉使用寿命，燃气锅炉的水处理工作主要是防止燃气锅炉结垢。为了保证燃气锅炉的安全经济运行，对水垢要及时加以清除。

1、燃气锅炉机械除垢法:当燃气锅炉炉内有疏松的水垢和水渣时，停炉后使燃气锅炉冷却、放掉炉水，用清水冲洗后，即可用扁铲钢丝刷和机动铣管器进行除垢。这种方法比较简单，多用于结垢简单的小型燃气锅炉上。但劳动强度大，除垢效果差，容易损坏锅炉本体。

2、燃气锅炉酸洗除垢法:酸洗除垢法大部分是采用盐酸或硝酸来清洗的。酸洗液是由盐酸加缓蚀剂或硝酸加缓蚀剂组成的。这种酸洗液既能消除锅炉中的水垢(除硝酸盐水垢时，需添加氢氟酸)，又极少腐蚀燃气锅炉。酸洗除垢有溶解作用、剥离作用和疏松作用。

3、燃气锅炉碱煮除垢法:碱煮除垢法除垢，其效果要比酸洗除垢法差，但是碱煮后由于水垢松，因此对于难以用盐酸清除的水垢，在酸洗前也可以用碱煮法进行一次予处理。碱煮法操作简单，副作用也比较小。缺点是煮炉时间比较长，药剂消耗量比较多，且效果差。